Peña speelde in totaal 43 interlands voor Bolivia in de periode 1987-1996 en scoorde vier keer voor La Verde. Onder leiding van bondscoach Osvaldo Veiga maakte hij zijn debuut op 23 juni1987 in de vriendschappelijke uitwedstrijd tegen Uruguay (2-1) in Montevideo. Peña nam met zijn vaderland viermaal deel aan de strijd om de Copa América: 1989, 1991, 1993 en 1995. Tevens maakte hij deel uit van de selectie die deelnam aan het WK voetbal 1994 in de Verenigde Staten.
Peña raakte op zaterdag 13 augustus1994 ernstig gewond, nadat zijn vrouw hem vier keer met een mes heeft gestoken in een ruzie over de op handen zijnde echtscheiding.[1]