De selectie stond onder leiding van trainer-coach Andries Ulderink, opvolger van de vertrokken oud-prof Hans van Arum. Aanhoudende financiële problemen werden AGOVV fataal in het seizoen 2012-2013. Op 8 januari2013 verklaarde de rechter in Zutphen de club failliet. AGOVV kampte met een belastingschuld van 400.000 euro. De clubleiding had eerder een maand uitstel gekregen om dat bedrag alsnog te betalen. De vereniging had echter meer tijd nodig om het reddingsplan rond te krijgen[1]. Het reddingsplan van oud-doelman Henk Timmer, directeur van AGOVV, mocht daardoor niet meer baten.
Op 17 januari liet de KNVB weten dat het faillissement onherroepelijk is geworden. De licentie om betaald voetbal in Nederland te mogen spelen, kwam daardoor per direct te vervallen. De door AGOVV Apeldoorn gespeelde wedstrijden in de Jupiler League werden alle met terugwerkende kracht als niet gespeeld beschouwd[2].
In het bekertoernooi verloor de club in de tweede ronde van Sparta Rotterdam (3-2). Topscorer werd aanvaller Joey Godee met twaalf treffers in achttien competitieduels.
Apeldoorn
Ad van der Molen
Zie Eerste divisie 2012/13 voor het hoofdartikel over dit onderwerp.
.svg){kind=small}
Thomas De Corte
Alair Cruz Vicente
Vojtěch Schulmeister
· 
· 
·