Mejía speelde zes seizoenen voor Deportes Quindío en werd in 2011 verhuurd was aan Once Caldas. Sinds 2012 komt hij uit voor Atlético Nacional, waarmee hij in 2012 de Colombiaanse beker won. In het seizoen 2013, waarin hij zesendertig competitieduels speelde, won hij zowel de Apertura als de Clausura.[2]
In de zomer van 2015 maakte CF Monterrey bekend Mejia voor één seizoen te verhuren aan zijn oude werkgever Atlético Nacional