Fons Flapper speelde in de jeugd van SC Jekerdal, MVV Maastricht, KRC Genk en Roda JC Kerkrade. Sinds het seizoen 2018/19 maakt hij deel uit van de eerste selectie van Roda JC. Hij debuteerde voor Roda op 1 maart 2019, in de met 1-1 gelijkgespeelde thuiswedstrijd tegen FC Twente. Hij kwam in de 90+5e minuut in het veld voor Richard Jensen.[3] Hij viel op 12 oktober 2019 in de 89e minuut in tegen Helmond Sport. Ook in het seizoen 2019/20 kwam hij tot één invalbeurt, in de met 4-0 gewonnen thuiswedstrijd tegen Helmond Sport. In 2020 vertrok hij transfervrij naar hoofdklasser SV Meerssen. Later in de zomer van 2020 was hij nog op proef bij Helmond Sport.