Kobayashi begon zijn carrière in 1971 bij Yanmar Diesel. Met deze club werd hij in 1971, 1974 en 1975 kampioen van Japan. Kobayashi veroverde er in 1974 de Beker van de keizer. In 6 jaar speelde hij er 92 competitiewedstrijden en scoorde 7 goals. Kobayashi beëindigde zijn spelersloopbaan in 1976.