Giuseppe Mazzarelli begon zijn voetbalcarrière bij FC Zürich. Met Grasshopper-Club Zürich won hij de Zwitserse landstitel in 1998. Een jaar later stapte hij over naar FC St. Gallen. In zijn eerste seizoen daar won hij opnieuw de landstitel. In het seizoen 2000/01 speelde hij voor AS Bari in de Italiaanse Serie A. Aan het einde van het seizoen degradeerde de club naar de Serie B, maar Mazzarelli bleef de club trouw. Mazzarelli beëindigde zijn loopbaan in 2005 bij FC Baden in de Challenge League. Nadien was hij werkzaam als talentscout bij FC Zürich.