Jo Gilis speelde in zijn jeugd voetbal en squash en kroonde zich in die laatste sport tot Belgisch jeugdkampioen.[1] Op dertienjarige leeftijd sloot hij zich aan bij de jeugdopleiding van Oud-Heverlee Leuven. In maart 2017 tekende hij een profcontract bij de club.[2][3] In het seizoen 2017/18 maakte de achttienjarige Gilis in play-off II zijn officieel debuut voor de Leuvense club. Hij mocht toen van coach Nigel Pearson in de uitwedstrijd tegen Waasland-Beveren invallen voor ploeggenoot Nikola Storm.[4] In het seizoen 2020/2021 speelt hij op huurbasis bij Lierse Kempenzonen.
Hij is de broer van Nele en Tinne Gilis, beiden actief in het squash.