Windischmann speelde vijftig interlands voor de nationale ploeg van de Verenigde Staten (1984-1990). Hij maakte zijn debuut voor Team USA op 30 november1984 in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Ecuador (0-0) in Hempstead. Windischmann nam deel aan het WK voetbal in 1990 waar hij kapitein was van het Amerikaanse elftal. Eerder had hij ook deelgenomen aan de Olympische Spelen van 1988 in Zuid-Korea.