Prunier begon zijn carrière bij RSC Montreuil en sloot zich vervolgens aan bij de jeugdopleiding van AJ Auxerre. Hij stroomde door naar het eerste elftal en behoorde tot dezelfde generatie als Éric Cantona, Basile Boli, Pascal Vahirua en Daniel Dutuel. Prunier speelde jarenlang voor Auxerre en schopte het er zelfs tot kapitein.
In 1993 verhuisde hij naar Olympique Marseille, dat toen net de Champions League had gewonnen. De club moest door een omkoopschandaal op het einde van het seizoen verplicht naar tweede klasse degraderen, waarop Prunier naar Bordeaux trok. Prunier speelde bij Bordeaux samen met spelers als Zinédine Zidane, Christophe Dugarry en Bixente Lizarazu, maar slaagde er niet echt in om zijn stempel te drukken bij les Girondins. Tot ieders verbazing werd hij in het seizoen 1995-1996 echter uitgeleend aan Manchester United. Hij speelde slechts twee wedstrijden voor The Red Devils en werd vervolgens opnieuw uitgeleend, ditmaal aan FC Kopenhagen.
.svg){kind=small}
