Borja speelde in de jeugdopleiding van Cortuluá en maakte ook zijn debuut bij die club. Op 31 januari 2015 mocht hij van coach Jaime de la Pava tegen Envigado negen minuten na rust als invaller voor Jerry Ortiz het veld betreden. De wedstrijd eindigde door treffers van Juan Camilo Saiz en Miguel Ángel Medina in 1–1.[1] Zijn eerste professionele doelpunt maakte de linksback op 26 september 2015, in eigen huis tegen Deportivo Cali. Door twee doelpunten van Mateo Cassierra ging de wedstrijd wel met 1–2 verloren.[2] In januari 2016 werd Borja voor anderhalf jaar gehuurd door Santa Fe.[3] Na zijn terugkeer bij Deportivo Cortuluá speelde hij nog dertien wedstrijden voor die club, alvorens Deportivo Toluca hem overnam.[4] In januari 2019 nam Sporting CP de Colombiaan over voor circa drie miljoen euro. In Portugal zette Borja zijn handtekening onder een verbintenis voor de duur van vijfenhalf jaar.[5] Twee jaar na zijn komst naar Portugal, nam SC Braga hem over.[6] In de zomer van 2021 werd Borja voor een seizoen verhuurd aan Alanyaspor.[7]
Het huis van Borja werd op 1 juni 2018 aangevallen door gewapende mannen. Tijdens de aanval bleef hij zelf ongedeerd, maar Alejandro Peñaranda werd gedood en Heisen Izquierdo raakte zwaargewond. Peñaranda en Izquierdo speelden op dat moment voor Deportivo Cortuluá.[11]