Het seizoen 2006/07 van de zaterdag Hoofdklasse B ging van start op 2 september 2006. De laatste speelronde was op 12 mei 2007. De zaterdag Hoofdklasse B is een van de zes hoogste voetbalcompetities in Nederland uitgeoefend door amateurs. De titelhouder van het vorige seizoen (2005/06) was VV IJsselmeervogels, Dat dit seizoen voor de derde keer op rij kampioen werd.
Doordat SV Huizen en VVOG op evenveel punten eindigde en het doelsaldo niet doorslaggevend is, moest er een beslissingswedstrijd komen om te bepalen wie er rechtstreeks zou degraderen en wie er nacompetitie zou spelen. De verliezer van deze wedstrijd degradeerde rechtstreeks naar de Eerste klasse. De winnaar ging nacompetitie spelen.